ประเด็นว่าด้วยคณะรัฐมนตรี(ครม.) หรือรัฐบาล ในร่างรัฐธรรมนูญฉบับมีชัย ฤชุพันธุ์ เป็นประเด็นที่พรรคการเมืองโดยเฉพาะพรรคเพื่อไทย และนักวิชาการบางส่วน วิจารณ์ว่าให้อำนาจกับองค์กรตุลาการ และองค์กรอิสระ ตรวจสอบฝ่ายรัฐบาลซึ่งมีที่มาจากประชาชนแต่งเพียงฝ่ายเดียวเท่านั้น ซึ่งขัดแย้งกับหลักการตรวจสอบถ่วงดุลอำนาจระหว่างทุกฝ่าย
ร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ กำหนดให้ศาลปกครองจัดตั้ง “แผนกคดีวินัยการคลังและการงบประมาณ” ขึ้นมา เพื่อตรวจสอบและยับยั้งการกระทำที่อาจก่อให้เกิดความเสียหายแก่งบประมาณหรือเงินของแผ่นดิน โดยเบื้องต้นผู้ที่มีสิทธิในการส่งฟ้องคดี จะมีทั้ง คตง. ป.ป.ช. และประชาชนทั่วไป ซึ่งด้านหนึ่งก็มีเสียงชื่นชมว่าจะช่วยแก้ปัญหาฝ่ายการเมืองที่มักจะใช้นโยบายประชานิยมที่ส่งผลเสียต่องบประมาณประเทศและทำให้การตรวจสอบทุจริตครอบคลุมมากขึ้น แต่อีกด้านก็มีเสียงวิจารณ์ว่า จะทำให้ฝ่ายตุลาการมีอำนาจเหนือฝ่ายบริหาร และทำให้รัฐบาลทำงานยากลำบากมากขึ้น ไม่มีใครกล้าคิดนโยบายที่ต้องใช้เงินช่วยเหลือประชาชน
