ส่งผลกระทบต่อการส่งเสริมคุ้มครองสิทธิมนุษยชนของประชาชน

การควบรวมทั้งสองหน่วยงานจะส่งผลกระทบต่อการทำหน้าที่ส่งเสริมและคุ้มครองสิทธิมนุษยชนของประชาชน เนื่องจากอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติกับผู้ตรวจการแผ่นดินมีความแตกต่างกัน โดยคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติมุ่งเน้นการตรวจสอบและคุ้มครองการละเมิดสิทธิมนุษยชนตามรัฐธรรมนูญ กฎหมายหรือสนธิสัญญาระหว่างประเทศที่ประเทศไทยต้องปฏิบัติตาม ส่วนผู้ตรวจการแผ่นดินทำหน้าที่ตรวจสอบจริยธรรมของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง ตรวจสอบการใช้อำนาจรัฐที่ไม่เป็นธรรม ซึ่งอาจไม่ใช่การละเมิดสิทธิมนุษยชน