ขัดต่อหลักการแบ่งแยกอำนาจระหว่างฝ่ายตุลาการและฝ่ายบริหาร

เนื่องจากผู้บังคับบัญชา หรือ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมเป็นผู้มีอำนาจแต่งตั้งตุลาการทหารสำหรับศาลทหารชั้นต้น ซึ่งขัดกับหลักความเป็นกลาง และความเป็นอิสระของผู้พิพากษา การกำหนดให้ศาลทหารมีอำนาจพิจารณาคดีพลเรือนจึงเป็นการทำลายหลักการนี้ และเท่ากับเป็นการทำลายหลักการปกครองในระบอบนิติรัฐด้วย