นอกจากนี้ ในประเด็นว่าด้วยคณะรัฐมนตรี(ครม.) หรือรัฐบาล ในร่างรัฐธรรมนูญฉบับมีชัย ฤชุพันธุ์ พรรคเพื่อไทย และนักวิชาการบางส่วน วิจารณ์อีกว่า ร่างรัฐธรรมนูญจะทำให้เกิดรัฐบาลผสมที่อ่อนแอที่จะเสียเวลาส่วนใหญ่กับการต่อรองกันของพรรคร่วมรัฐบาล สร้างรัฐบาลเป็ดง่อย รัฐบาลรักษาการถาวร ที่ไม่มีสมาธิจัดการปัญหาโครงสร้างระยะยาว และรัฐบาลจะมีอายุสั้น เพราะต้องเผชิญความคลุมเครือในการพิจารณางบประมาณประจำปีและมาตรฐานทางจริยธรรมที่จะนำไปสู่การถอดถอนได้
ในทางตรงข้าม เอกสารชื่อ "กรรมการร่างรัฐธรรมนูญ(กรธ.) ไขข้อข้องใจ" ซึ่งเป็นคู่มือของวิทยากรครู ค. ที่ใช้ตอบข้อเห็นต่างของผู้ที่ไม่เห็นด้วย สำหรับประเด็นข้อวิจารณ์ต่อร่างรัฐธรรมนูญที่ว่าก้าวก่ายอำนาจการบริหารของ ครม. คำตอบของ กรธ. คือ ร่างนี้เพียงแต่เพิ่มกลไกในการตรวจสอบการทำงาน สร้างความโปร่งใสในการดำเนินกิจกรรมของรัฐ และกำหนดความรับผิดชอบของ ครม. ให้ชัดเจนเท่านั้น ขณะที่คำถามว่าองค์กรอิสระจะมาควบคุมและทำให้รัฐบาลอ่อนแอจริงหรือไม่ คำตอบของกรธ. คือ เนื่องจากที่ผ่านมาการตรวจสอบและถ่วงดุลการใช้อำนาจระหว่างฝ่ายนิติบัญญัติกับฝ่ายบริหารมีปัญหา ซึ่งองค์กรตรวจสอบก็จะมีอำนาจในการตรวจสอบเหมือนเดิม แต่ทำให้มีประสิทธิภาพมากขึ้นเท่านั้น
การให้อำนาจองค์กรตุลาการ และองค์กรอิสระ เหนือฝ่ายบริหาร เป็นประเด็นข้อถกเถียงสำคัญของเรื่อง ครม. ในร่างรัฐธรรมนูญ อย่างไรก็ตามนอกจากประเด็นนี้แล้ว ในส่วนของ ครม. ยังมีประเด็นอื่นที่น่าสนใจอีก ดังนี้
นายกรัฐมนตรี ดำรงตำแหน่งได้ไม่เกินแปดปี
ร่างรัฐธรรมนูญฉบับนี้ กำหนดให้นายกรัฐมนตรีมาจากความเห็นชอบของสภาผู้แทนราษฎร (ส.ส.) ซึ่งเลือกจากบัญชีรายชื่อบุคคลที่พรรคการเมืองแจ้งไว้ นายกรัฐมนตรีแต่ละคนจะดำรงตำแหน่งรวมกันแล้วไม่เกินแปดปี ไม่ว่าจะเป็นการดำรงตำแหน่งติดต่อกันหรือไม่ โดยครม. ประกอบด้วยนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีอีกไม่เกิน 35 คน
คุมเข้มคุณสมบัติรมต. ต้องซื่อสัตย์สุจริตเป็นที่ประจักษ์
สำหรับคุณสมบัติของรัฐมนตรี ในร่างรัฐธรรมนูญค่อนข้างเข้มงวดอย่างมากหากเปรียบเทียบกับรัฐธรรมนูญ 2540 และ 2550 โดยคุณสมบัติดั้งเดิม เช่น “การต้องคำพิพากษาให้จำคุก” รัฐธรรมนูญ 2540 กำหนดให้ผู้ที่เคยต้องคำพิพากษาจำคุกไม่เกินสองปีขึ้นไป และได้รับการพ้นโทษมาถึงห้าปีในวันเลือกตั้งสามารถเป็นรัฐมนตรีได้ ขณะที่รัฐธรรมนูญ 2550 กำหนดหากพ้นโทษถึงห้าปีในวันเลือกตั้งสามารถเป็นรัฐมนตรี ส่วนร่างรัฐธรรมนูญปัจจุบัน กำหนดหากพ้นโทษถึงสิบปีนับถึงวันเลือกตั้งสามารถเป็นรัฐมนตรีได้ นอกจากนี้ในร่างรัฐธรรมนูญยังเพิ่มคุณสมบัติใหม่เข้ามา เช่น ต้องมีความซื่อสัตย์สุจริตเป็นที่ประจักษ์ หรือ ไม่เคยต้องคำพิพากษาอันถึงที่สุดว่ากระทำการอันเป็นการทุจริตในการเลือกตั้ง
ตัวอย่างคุณสมบัติรัฐมนตรีที่น่าสนใจตามมาตรา 160
- ต้องมีความซื่อสัตย์สุจริตเป็นที่ประจักษ์
- ไม่มีพฤติกรรมอันเป็นการฝ่าฝืนหรือไม่ปฏิบัติตามมาตรฐานทางจริยธรรมอย่างร้ายแรง
- เคยได้รับโทษจำคุกโดยได้พ้นโทษมายังไม่ถึงสิบปีนับถึงวันเลือกตั้ง เว้นแต่ในความผิดอันได้กระทำโดยประมาทหรือความผิดลหุโทษ
- ไม่เคยต้องคำพิพากษาอันถึงที่สุดว่ากระทำการอันเป็นการทุจริตในการเลือกตั้ง
- ไม่เป็นผู้ต้องคำพิพากษาให้จำคุก แม้คดีนั้นจะยังไม่ถึงที่สุด หรือมีการรอการลงโทษ เว้นแต่ในความผิดอันได้กระทำโดยประมาท ความผิดลหุโทษ หรือความผิดฐานหมิ่นประมาท
- ไม่เคยใช้ความเป็นรัฐมนตรีก้าวก่ายหรือแทรกแซงการปฏิบัติหน้าที่ของเจ้าหน้าที่ ของรัฐเพื่อประโยชน์ของตนเอง
ครม.ต้องดำเนินนโยบายตามยุทธศาสตร์ชาติ
การบริหารราชการแผ่นดินในร่างรัฐธรรมนูญฉบับนี้ ถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่าจะทำให้ครม.ไม่มีอำนาจและไม่มีความเป็นอิสระในการกำหนดนโยบาย เนื่องจากมาตรา 162 กำหนดให้ครม.ที่จะเข้าบริหารราชการแผ่นดินต้องแถลงนโยบายต่อรัฐสภาซึ่งต้องสอดคล้องกับแนวทางที่เขียนไว้ในหมวดหน้าที่ของรัฐ แนวนโยบายแห่งรัฐ และยุทธศาสตร์ชาติ นอกจากนี้ยังต้องชี้แจงแหล่งที่มาของรายได้ที่จะนำมาใช้จ่ายในการดำเนินนโยบายด้วย ทำให้ครม.ตามร่างรัฐธรรมนูญนี้จึงเป็นเพียงองค์กรที่เข้ามาทำหน้าที่เพียงเข้ามาเพื่อทำงานประจำเท่านั้น ไม่สามารถกำหนดนโยบายสาธารณะด้วยตนเองได้
โดยเปรียบเทียบรัฐธรรมนูญ 2550 ก็มีกำหนดให้ ครม. ต้องแถลงนโยบายตามแนวนโยบายพื้นฐานแห่งรัฐ เมื่อแถลงนโยบายแล้วต้องจัดทำแผนการบริหารราชการแผ่นดิน เพื่อกำหนดแนวทางการปฏิบัติราชการแต่ละปี ขณะที่รัฐธรรมนูญ 2540 ครม.เพียงแค่แถลงนโยบายต่อรัฐสภาเท่านั้นไม่มีกรอบให้ครม.ต้องปฏิบัติตาม ทำให้การบริหารและการกำหนดนโยบายเป็นอิสระอย่างมาก
องค์กรอิสระสามารถทักท้วงการทำงานของครม.
ในด้านการบริหารราชแผ่นดินของครม. รัฐธรรมนูญ 2540 และ 2550 กำหนดไว้เหมือนกันคือ รัฐมนตรีต้องดำเนินการตามรัฐธรรมนูญ กฎหมาย และนโยบายที่ได้แถลงไว้ และต้องรับผิดชอบต่อสภาผู้แทนราษฎรในหน้าที่ของตน รวมทั้งต้องรับผิดชอบร่วมกันต่อรัฐสภาในนโยบายทั่วไปของครม.
ในขณะที่ร่างรัฐธรรมนูญปัจจุบันในมาตรา 164 ได้เพิ่มเติมการบริหารราชการแผ่นดิน นอกจากครม.ต้องดำเนินการตามรัฐธรรมนูญ กฎหมาย และนโยบายที่ได้แถลงไว้ต่อรัฐสภาแล้วยังต้องปฏิบัติตามหลักเกณฑ์ ดังต่อไปนี้
(1) ปฏิบัติหน้าที่และใช้อำนาจด้วยความซื่อสัตย์ สุจริต เสียสละ เปิดเผย และมีความรอบคอบและระมัดระวังในการดำเนินกิจการต่างๆ เพื่อประโยชน์สุขของประเทศและประชาชนส่วนรวม
(2) รักษาวินัยในกิจการที่เกี่ยวกับเงินแผ่นดินตามกฎหมายว่าด้วยวินัยการเงินการคลังของรัฐอย่างเคร่งครัด
(3) ยึดถือและปฏิบัติตามหลักการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี
(4) สร้างเสริมให้ทุกภาคส่วนในสังคมอยู่ร่วมกันอย่างเป็นธรรม ผาสุกและสามัคคีปรองดองกัน
ทั้งนี้ ตามร่างมาตรา 245 หากครม. บริหารราชการแผ่นดินไม่เป็นตามข้อสอง องค์กรอิสระสามารถทักท้วงเพื่อยับยั้งไม่ให้เกิดความเสียหายแก่การเงินการคลังของรัฐ โดยผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดินสามารถเสนอผลการตรวจสอบการกระทำที่ไม่เป็นไปตามกฎหมายว่าด้วยวินัยการเงินการคลังของรัฐและอาจก่อให้เกิดความเสียหายแก่การเงินการคลังของรัฐอย่างร้ายแรง ต่อคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินเพื่อพิจารณา
หากคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินเห็นพ้องด้วยกับผลการตรวจสอบ ดังกล่าว ให้ปรึกษาหารือร่วมกับคณะกรรมการการเลือกตั้ง (กกต.) และคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) หากที่ประชุมร่วมเห็นพ้องกับผลการตรวจสอบนั้น ให้ร่วมกันมีหนังสือแจ้งครม.เพื่อทราบ
ปลัดกระทรวงทำหน้าที่รัฐมนตรีแทนฝ่ายการเมืองได้
นับตั้งแต่รัฐธรรมนูญ 2540 ถึง 2550 การสิ้นสุดคณะรัฐมนตรีเกิดขึ้นได้สามเงื่อนไข คือ 1) ความเป็นรัฐมนตรีของนายกรัฐมนตรีสิ้นสุดลง เช่น นายกรัฐมนตรีถูกสภาผู้แทนราษฎรมีมติไม่ไว้วางใจ ลาออก หรือเสียชีวิต 2) คณะรัฐมนตรีลาออก และ 3) อายุสภาผู้แทนราษฎรสิ้นสุดลงหรือมีการยุบสภาผู้แทนราษฎร
หากเป็นไปตามเงื่อนไขข้อหนึ่งและข้อสองจะต้องเลือกนายกรัฐมนตรีใหม่โดยความเห็นชอบของสภาผู้แทนราษฎร แต่หากเป็นในข้อสามจะต้องจัดการเลือกตั้งสภาผู้แทนราษฎรใหม่เพื่อให้สภาผู้แทนราษฎรชุดใหม่เลือกนายกรัฐมนตรีเพื่อจัดตั้งครม.ชุดต่อไป
ในร่างรัฐธรรมนูญปัจจุบันยังคงเงื่อนไขทั้งสามข้อไว้เช่นเดิม แต่ได้เพิ่มเงื่อนไขใหม่ลงไปด้วย คือ กรณี ครม. แปรญัตติงบประมาณที่ตนมีส่วนใช้ ตามมาตรา 167 (4) ซึ่งกำหนดให้ครม.ต้องพ้นจากตำแหน่งเพราะเหตุตามมาตรา 144 ที่ระบุว่า
“ในการพิจารณาร่างพระราชบัญญัติงบประมาณรายจ่ายประจำปีงบประมาณ ร่างพระราชบัญญัติงบประมาณรายจ่ายเพิ่มเติม และร่างพระราชบัญญัติโอนงบประมาณรายจ่าย สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจะแปรญัตติเปลี่ยนแปลงหรือแก้ไขเพิ่มเติมรายการหรือจำนวน ในรายการมิได้...”
“ในการพิจารณาของสภาผู้แทนราษฎร วุฒิสภา หรือคณะกรรมาธิการ การเสนอ การแปรญัตติ หรือการกระทำด้วยประการใด ๆ ที่มีผลให้สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร สมาชิกวุฒิสภา หรือกรรมาธิการมีส่วนไม่ว่าโดยทางตรงหรือทางอ้อมในการใช้งบประมาณรายจ่าย จะกระทำมิได้”
“ในกรณีที่สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรหรือสมาชิกวุฒิสภา มีจำนวนไม่น้อยกว่า หนึ่งในสิบของจำนวนสมาชิกทั้งหมดเท่าที่มีอยู่ของแต่ละสภา เห็นว่ามีการกระทำที่ฝ่าฝืน...ให้เสนอความเห็นต่อศาลรัฐธรรมนูญเพื่อพิจารณา...ในกรณีที่ศาลรัฐธรรมนูญวินิจฉัยว่ามีการกระทำที่ฝ่าฝืน...ถ้าผู้กระทำการดังกล่าวเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรหรือสมาชิกวุฒิสภา ให้ผู้กระทำการนั้นสิ้นสุดสมาชิกภาพ...แต่ในกรณีที่คณะรัฐมนตรีเป็นผู้กระทำการหรืออนุมัติให้กระทำการ หรือรู้ว่ามีการกระทำดังกล่าวแล้วแต่มิได้สั่งยับยั้ง ให้คณะรัฐมนตรีพ้นจากตำแหน่งทั้งคณะ นับแต่วันที่ศาลรัฐธรรมนูญมีคำวินิจฉัย และให้เพิกถอนสิทธิสมัครรับเลือกตั้งของรัฐมนตรีที่พ้นจากตำแหน่งนั้น เว้นแต่จะพิสูจน์ได้ว่าตนมิได้อยู่ในที่ประชุมในขณะที่มีมติ และให้ผู้กระทำการดังกล่าวต้องรับผิดชดใช้เงินนั้นคืนพร้อมด้วยดอกเบี้ย”
ในกรณีที่ครม. สิ้นสุดลงทั้งคณะ ด้วยเหตุตามมาตรา 144 ร่างรัฐธรรมนูญมาตรา 168 กำหนดให้ระหว่างที่รอสภาผู้แทนราษฎรเลือกนายกรัฐมนตรีคนใหม่ ให้ปลัดกระทรวงปฏิบัติหน้าที่แทนรัฐมนตรีว่าการกระทรวงนั้นๆ เฉพาะเท่าที่จำเป็นไปก่อน โดยให้ปลัดกระทรวงคัดเลือกกันเองให้คนหนึ่งปฏิบัติหน้าที่แทนนายกรัฐมนตรี
นอกจากนี้ในมาตราเดียวกันยังระบุว่า ในกรณีที่ “ครม.ที่อยู่ปฏิบัติหน้าที่ต่อไปลาออกทั้งคณะ” ซึ่งหมายถึงครม.รักษาการณ์ สามารถลาออกอีกครั้ง เช่น หากครม.รักษาการณ์หลังการยุบสภาเพื่อรอเลือกตั้งใหม่ตัดสินใจลาออก ก็จะเปิดโอกาสให้ปลัดกระทรวงต่างๆ ขึ้นมาทำหน้าที่บริหารประเทศแทน หรือในกรณีที่สภาผู้แทนราษฎรยังไม่สามารถเลือกนายกรัฐมนตรีได้ด้วยเหตุผลอื่นๆ การให้ปลัดกระทรวงขึ้นมาทำหน้าที่ครม.แทนฝ่ายการเมืองก็อาจเกิดขึ้นได้เช่นกัน